SpatiaLite是在SQLite基础上扩展的一种空间数据库，其中空间索引部分的实现使用的是SQLite的RTree机制。我们用RTree已经有一段时间了，但是今天还是遇到了一个问题，解决了之后对RTree有了更深层次的认识。

问题的现象是一份Shapefile格式的经纬度数据转换成SpatiaLite之后，数据显示不正常，在比例尺不断放大过程中，有些地方时而被填充，时而是空隙，我们分析有可能是空间索引出现了问题，导致显示时在空间索引中没有查询到，于是我们用一个功能重新计算了一遍空间索引，计算之后显示正常。

通过调试我们发现数据转换使用的空间索引维护SQL和重新计算空间索引的SQL是一致的，但两者的执行结果却是不同的，而且SQL中的数值与执行之后在数据库中查询出来的数值也不一样。

经过查找资料我们知道了SQLite的RTree，非ID字段使用的是Float类型存储的(也有整型的)，这样对于经纬度坐标在小数点后第5位出现精度损失，差别也是很大的。

进一步查找资料发现，SQLite对于RTree的维护，会做下界坐标向下舍入，上界坐标向上舍入的处理，即扩大了几何的空间索引框，这样虽然会在空间查询中多查出来一些几何，但也不会有什么影响。经过对比发现数据转换中没有做坐标舍入处理，而且使用的SQLite版本是3.7.9，版本比较老。在3.8之后的SQLite库都做了舍入处理，就不会有这样的问题了。

所以解决方案有两种，一种是手动外扩空间索引框范围；另一种是更新SQLite版本。

SQLite的RTree详细理解，可以参考官方文档。